Původ alergenů je různý, většinou se jedná o běžné látky nacházející se v našem prostředí jako např. pyl, prach, hmyz, roztoči, plísně, potraviny, kovy, léky.
Příčina narůstajícího počtu alergických chorob není zcela jasná. V posledních letech se veliký důraz klade na zhoršující se prostředí a nevhodný životní styl (špatná strava, kouření, nedostatek pohybu, nadužívání antibiotik, přemíra očkovacích látek). Nepochybně vše probíhá na genetickém podkladě. Děti rodičů, z nichž oba jsou alergici, mají alergická onemocnění až v 80%.
Alergeny se dostávají do organismu nejčastěji inhalační cestou. Dalším místem průniku alergenů je zažívací ústrojí a pokožka. Lze tak předpokládat, že alergické astma nebo alergická konjunktivitida vznikají při kontaktu s inhalačními alergeny a ekzémy při kontaktu alergenů s kůží. Tato úvaha je však nesprávná. Brána vstupu alergenu do organismu většinou nerozhoduje o orgánovém postižení.
O vzniku astmatu, rinitokonjunktivitidy nebo ekzému patrně rozhoduje vrozená orgánová predispozice. Proč do 3-4 roku klinicky dominují potravinové alergeny a proč se vzdušné alergeny prosazují až v pozdějším věku není dosud jasné. Pravděpodobně záleží na stupni zralosti/vývoji zažívacího traktu, kůže nebo sliznic dýchacího ústrojí.
